O tratamento para estomatite é feito com uma boa higiene oral, com o uso de antissépticos bucais, após a correta escovação dos dentes. Deve-se evitar alimentos ácidos como abacaxi, laranja, limão e temperos picantes, e deve-se fazer bochechos com água morna e água oxigenada (solução de 10%) de 2 a 3 vezes ao dia. A Lidocaína viscosa pode ser usada para diminuir o desconforto ao comer. Os antibióticos e anti-inflamatórios estão reservados para os casos mais graves e nesses casos, devem ser utilizados sob prescrição médica e/ou odontológica.

No caso da estomatite aftosa infantil, o tratamento consiste em oferecer alimentos líquidos ou pastosos, de preferência frios. Gelatina, mingau, sopa, iogurte, fruta fresca, leite e vitaminas, por exemplo. Nas crianças geralmente não é necessário utilizar nenhum remédio. Mesmo assim não devemos descuidar da higiene oral delas. Por mais doloroso que seja, a boca deve ser limpa com uma gaze embebida em uma solução de água filtrada e água oxigenada a 10% (meio a meio) . Após essa limpeza, passar na região afetada a nistatina em creme. No mais é aguardar a resolução do caso, pois a doença é auto-limitante. Importante lembrar que a criança, geralmente os muito pequenos, podem deixar de comer e beber devido ao desconforto e isso pode levar rapidamente a desidratação. Aos primeiros sintomas, eles devem ser levados ao hospital para hidratação endovenosa.